bin/run_crn.sh

   1 #!/bin/sh
   2
   3 DB=uniref100
   4 method=crnpred
   5
   6 Usage () {
   7 echo "Usage: $0 [-m method] [-d DB] input_seq"
   8 echo "  input_seq: protein sequence in the FASTA format."
   9 echo "  method: 'crnpred2k', 'crnpred5k' or 'linear' (default: crnpred2k)"
  10 echo "  DB: BLAST sequence database (default: uniref100)"
  11 exit 2
  12 }
  13
  14 #Usage
  15 args=`getopt m:d:h $*`
  16 set -- $args
  17
  18 for i in $*; do
  19   case "$i" in
  20     -m) method=$2; shift 2;;
  21     -d) DB=$2; shift 2;;
  22     -h) Usage ;;
  23     --) shift; break;;
  24   esac
  25 done
  26 inseq=${1}
  27
  28 if [ "hoge${inseq}" = "hoge" ]; then
  29   Usage
  30 fi
  31
  32 prof=`basename ${inseq}`.d.prof
  33 fout=`basename ${inseq}`.d.out
  34
  35 blastpgp -d $DB -h 0.0005 -j 3 -i $inseq -Q $prof > /dev/null 2>&1
  36
  37 echo "# Input sequence" > $fout
  38 cat $inseq >> $fout
  39 echo '' >> $fout
  40 echo '' >> $fout
  41
  42 echo "*** SS, CN, RWCO predictions..."
  43 if [ "$method" = "crnpred2k" ]; then
  44   echo "   prediction by CRN2000 (takes some time...)"
  45   ${CRNPRED_DIR}/bin/xpredm2000 $prof >> $fout
  46 elif [ "$method" = "crnpred5k" ]; then
  47   echo "   prediction by CRN5000 (takes some time...)"
  48   ${CRNPRED_DIR}/bin/xpredm5000 $prof >> $fout
  49 else
  50   echo "   prediction by linear method"
  51   ${CRNPRED_DIR}/bin/lpredm $prof >> $fout
  52 fi