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[eos/base.git] / src / Tools / mrcImage / mrcImagePad / src / mrcImagePad.html
index 75fb5b4..c5189cb 100755 (executable)
@@ -1 +1,44 @@
-/bin/bash: mrcImagePad: そのようなファイルやディレクトリはありません
+<HTML>
+<HEAD>
+<TITLE>mrcImagePad</TITLE>
+</HEAD>
+<BODY>
+<H1>mrcImagePad</H1>
+<H2>Usage</H2>
+<PRE>
+Usage: mrcImagePad
+Options:
+    [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :Input DataFile
+    [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :Output DataFile
+    [-W[idth]            Width               (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Width[pixel]
+    [-H[eight]           Height              (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Height[pixel]
+    [-V[alue]            Value               (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Padding Value(float on avgrage density)
+    [-E[xpected]V[alue]  ExpectedValue       (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Expected Value for Background
+    [-AW                 AvgWnd              (2000.0    ).as(Real                ) ] :Optional  :Averaging Window Size [A]
+    [-AWMin              AWMin               (20        ).as(Real                ) ] :Optional  :Averaging Window Size[pixel]
+    [-AWMax              AWMax               (22        ).as(Real                ) ] :Optional  :Averaging Window Size[pixel]
+    [-Tilt               TiltAxisAngle       (0         ).as(Real                ) 
+                         TiltAngle           (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :TiltImage: TiltAxisAngle TiltAngle
+    [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :Configuration File
+    [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
+----- Mode -----
+0: Pad average density(Image Center)
+1: Pad average density of x=0 and x=MAX(x)(Image Center)
+2: Pad dynamic average density of x=0 and x=MAX(x)(Image Center)
+3: Pad average density of x=0,MAX(x) and y=0,MAX(y), (Image Center)
+4: Pad average density of bottom left
+5: Pad value (Image Center):Image Value(No Change)
+6: Pad value of bottom left:Image Value(No Change)
+7: Pad value estimated from outside circle
+8: Pad value estimated from outside ring: -AWMin -AMax
+9: Pad value is Value (Currently the same as 5)
+10: Periphery Masking Using ExpectedValue 
+11: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/avg(bg))
+12: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(I))/sqrt(var(I)))
+13: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/sqrt(var(bg)))
+14: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/(avg(I)-avg(bg))
+15: Tilted Image Circle Average: Need two values of TiltAxisAngle TiltAngle 
+16: Pad dynamic average density of x=0,MAX(x) and y=0,Max(y)(Image Center)
+</PRE>
+</BODY>
+</HTML>