src/test/java/org/xerial/silk/schema/schema.silk

   1 %silk(version:1.0, type:schema)\r
   2 \r
   3 module org.utgenome\r
   4 \r
   5 # coordinate system information\r
   6 class Coordinate\r
   7   :group string default "utgb"\r
   8   :species \r
   9   :revision\r
  10   :name\r
  11 end\r
  12 \r
  13 # region on a genome sequence\r
  14 class Locus\r
  15   belongs_to Coordinate\r
  16 \r
  17   :name\r
  18   :start integer\r
  19   :end integer\r
  20   :strand\r
  21 \r
  22   index interval on :start, :end\r
  23   index keyword on :id\r
  24 end\r
  25 \r
  26 # gene data with sequence data\r
  27 class Gene < Locus\r
  28   :sequence sequence\r
  29 end\r
  30 \r
  31 class Exon < Locus\r
  32   belongs_to Gene\r
  33 end\r
  34 \r
  35 class CDS < Locus\r
  36   belongs_to Gene\r
  37 end\r
  38 \r
  39 # reference sequence\r
  40 class Reference < Locus\r
  41   :sequence sequence\r
  42 end\r
  43 \r
  44 # short-read data\r
  45 class Read < Locus\r
  46   belongs_to Reference\r
  47 \r
  48   :sequence \r
  49   :qv integer*\r
  50 end \r
  51 \r
  52 end \r
  53 \r
  54 \r
  55 \r