src/test/java/org/xerial/silk/SilkWriterTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------\r
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito\r
   3  *\r
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.\r
   6  *  You may obtain a copy of the License at\r
   7  *\r
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
   9  *\r
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and\r
  14  *  limitations under the License.\r
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/\r
  16 //--------------------------------------\r
  17 // XerialJ\r
  18 //\r
  19 // SilkWriterTest.java\r
  20 // Since: Jul 28, 2009 12:08:53 PM\r
  21 //\r
  22 // $URL$\r
  23 // $Author$\r
  24 //--------------------------------------\r
  25 package org.xerial.silk;\r
  26 \r
  27 import static org.junit.Assert.*;\r
  28 \r
  29 import java.io.StringReader;\r
  30 import java.io.StringWriter;\r
  31 import java.util.ArrayList;\r
  32 import java.util.List;\r
  33 \r
  34 import org.junit.After;\r
  35 import org.junit.Before;\r
  36 import org.junit.Test;\r
  37 import org.xerial.lens.Lens;\r
  38 import org.xerial.lens.relation.TupleIndex;\r
  39 import org.xerial.silk.SilkWriter.FormatConfig;\r
  40 import org.xerial.util.FileResource;\r
  41 import org.xerial.util.StringUtil;\r
  42 import org.xerial.util.log.Logger;\r
  43 \r
  44 public class SilkWriterTest {\r
  45     private static Logger _logger = Logger.getLogger(SilkWriterTest.class);\r
  46 \r
  47     @Before\r
  48     public void setUp() throws Exception {}\r
  49 \r
  50     @After\r
  51     public void tearDown() throws Exception {}\r
  52 \r
  53     @Test\r
  54     public void toSilk() throws Exception {\r
  55         StringWriter buf = new StringWriter();\r
  56         SilkWriter w = new SilkWriter(buf);\r
  57 \r
  58         FormatConfig fc = new FormatConfig();\r
  59         fc.insertSpaceAfterColon = true;\r
  60         w.setFormatConfig(fc);\r
  61 \r
  62         w.commentLine("utgb config format");\r
  63         SilkWriter config = w.node("config").attribute("version", "1.0");\r
  64         config.leaf("projectName", "utgb-shell");\r
  65         config.leaf("version", "2.0");\r
  66         config.leaf("group", "utgb");\r
  67         w.commentLine("database connection settings");\r
  68 \r
  69         SilkWriter dbNode = w.node("database").attribute("dbms", "sqlite").attribute("scope",\r
  70                 "debug");\r
  71         dbNode.leaf("address", "db/sample.db");\r
  72 \r
  73         SilkWriter t = w.tabDataSchema("gene").attribute("id").attribute("start").attribute("end");\r
  74         t.dataLine("g1\t10\t20000");\r
  75         t.dataLine("g2\t1000\t30000");\r
  76 \r
  77         SilkWriter g = w.node("gene").attribute("id", "g1");\r
  78         g.multilineData("sequence");\r
  79         g.dataLine("ACCGGCCGCCC");\r
  80         g.dataLine("CCGCAGGGAAA");\r
  81         w.endDocument();\r
  82 \r
  83         String s = buf.toString();\r
  84         _logger.info(s);\r
  85 \r
  86         TreeWalkLog l1 = new TreeWalkLog();\r
  87         TreeWalkLog l2 = new TreeWalkLog();\r
  88 \r
  89         SilkWalker s1 = new SilkWalker(FileResource\r
  90                 .open(SilkWriterTest.class, "writer-result.silk"));\r
  91         SilkWalker s2 = new SilkWalker(new StringReader(s));\r
  92 \r
  93         s1.walk(l1);\r
  94         s2.walk(l2);\r
  95 \r
  96         boolean cmp = TreeWalkLog.compare(l1, l2);\r
  97         assertTrue(cmp);\r
  98     }\r
  99 \r
 100     static class A {\r
 101         public String name;\r
 102         public boolean flag = true;\r
 103         public List<B> b = new ArrayList<B>();\r
 104     }\r
 105 \r
 106     static class B {\r
 107         public int id;\r
 108         public String type = "B";\r
 109         public List<String> item = new ArrayList<String>();\r
 110 \r
 111         public B(int id) {\r
 112             this.id = id;\r
 113         }\r
 114 \r
 115     }\r
 116 \r
 117     @Test\r
 118     public void toSilkObject() throws Exception {\r
 119         StringWriter buf = new StringWriter();\r
 120         SilkWriter w = new SilkWriter(buf);\r
 121         w = w.node("silk");\r
 122 \r
 123         A a = new A();\r
 124         a.name = "leo";\r
 125         a.b.add(new B(10));\r
 126         B b = new B(20);\r
 127         a.b.add(b);\r
 128 \r
 129         b.item.add("hello");\r
 130         b.item.add("world");\r
 131 \r
 132         a.b.add(new B(30));\r
 133 \r
 134         w.toSilk(a);\r
 135         w.endDocument();\r
 136 \r
 137         _logger.info(buf.toString());\r
 138     }\r
 139 \r
 140     @Test\r
 141     public void tupleIndex() throws Exception {\r
 142         TupleIndex i = new TupleIndex(1);\r
 143         String s = Lens.toSilk(i);\r
 144         _logger.info(s);\r
 145     }\r
 146 \r
 147     @Test\r
 148     public void array() throws Exception {\r
 149         ArrayList<String> input = new ArrayList<String>();\r
 150         input.add("hello");\r
 151         input.add("world");\r
 152         String s = Lens.toSilk(input);\r
 153         _logger.info(s);\r
 154     }\r
 155 \r
 156     static class Person {\r
 157         public int id;\r
 158         public String name;\r
 159 \r
 160         public Person(int id, String name) {\r
 161             this.id = id;\r
 162             this.name = name;\r
 163         }\r
 164 \r
 165     }\r
 166 \r
 167     @Test\r
 168     public void objectArray() throws Exception {\r
 169 \r
 170         /*\r
 171          * expect\r
 172          * <pre>\r
 173          * -(id:1, name:leo)\r
 174          * -(id:2, name:yui)\r
 175          * </pre>\r
 176          */\r
 177         ArrayList<Person> p = new ArrayList<Person>();\r
 178         p.add(new Person(1, "leo"));\r
 179         p.add(new Person(2, "yui"));\r
 180         String s = Lens.toSilk(p);\r
 181         _logger.info(s);\r
 182     }\r
 183 \r
 184     @Test\r
 185     public void sanitize() throws Exception {\r
 186 \r
 187         String[] v = new String[] { "this is a node(0)'s value", "this is a node, value",\r
 188                 "this is a node |value|", "this is a {node} value", "this is a node*",\r
 189                 "invalid value:" };\r
 190 \r
 191         for (String each : v) {\r
 192             String s = SilkWriter.sanitizeInLineNodeValue(each);\r
 193             assertEquals(StringUtil.doubleQuote(each), s);\r
 194         }\r
 195 \r
 196         String[] safe = new String[] { "this is a node value", "safe value 1.2.4" };\r
 197 \r
 198         for (String each : safe) {\r
 199             String s = SilkWriter.sanitizeInLineNodeValue(each);\r
 200             assertEquals(each, s);\r
 201         }\r
 202 \r
 203     }\r
 204 \r
 205     @Test\r
 206     public void escapeText() throws Exception {\r
 207         String s = SilkWriter.escapeText("-A(id:1)\n  -B");\r
 208 \r
 209         String[] l = s.split("\r?\n");\r
 210 \r
 211         assertEquals("\\-A(id:1)", l[0]);\r
 212         assertEquals("  \\-B", l[1]);\r
 213 \r
 214     }\r
 215 \r
 216     @Test\r
 217     public void escapeBackSlash() throws Exception {\r
 218         String e = SilkWriter.escapeText("\\-already escaped");\r
 219         assertEquals("\\-already escaped", e);\r
 220 \r
 221     }\r
 222 \r
 223 }\r