src/test/java/org/xerial/silk/FastaTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------\r
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito\r
   3  *\r
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.\r
   6  *  You may obtain a copy of the License at\r
   7  *\r
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
   9  *\r
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and\r
  14  *  limitations under the License.\r
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/\r
  16 //--------------------------------------\r
  17 // XerialJ\r
  18 //\r
  19 // FastaTest.java\r
  20 // Since: Jul 3, 2009 7:11:49 PM\r
  21 //\r
  22 // $URL$\r
  23 // $Author$\r
  24 //--------------------------------------\r
  25 package org.xerial.silk;\r
  26 \r
  27 import java.lang.annotation.ElementType;\r
  28 import java.lang.annotation.Retention;\r
  29 import java.lang.annotation.RetentionPolicy;\r
  30 import java.lang.annotation.Target;\r
  31 import java.util.List;\r
  32 \r
  33 import org.junit.After;\r
  34 import org.junit.Before;\r
  35 import org.junit.Test;\r
  36 import org.xerial.lens.Lens;\r
  37 import org.xerial.lens.ObjectLens;\r
  38 import org.xerial.util.FileResource;\r
  39 import org.xerial.util.log.Logger;\r
  40 \r
  41 @Retention(RetentionPolicy.RUNTIME)\r
  42 @Target( { ElementType.TYPE, ElementType.METHOD })\r
  43 @interface EqJoin {\r
  44 \r
  45     public String[] left();\r
  46 \r
  47     public String[] right();\r
  48 \r
  49     public Class< ? > leftClass();\r
  50 \r
  51 }\r
  52 \r
  53 public class FastaTest\r
  54 {\r
  55     private static Logger _logger = Logger.getLogger(FastaTest.class);\r
  56 \r
  57     @Before\r
  58     public void setUp() throws Exception\r
  59     {}\r
  60 \r
  61     @After\r
  62     public void tearDown() throws Exception\r
  63     {}\r
  64 \r
  65     public static class FastaQuery\r
  66     {\r
  67         FastaItem prev = null;\r
  68 \r
  69         public void addGroup_Name(String group, FastaItem f)\r
  70         {\r
  71             _logger.info(String.format("group: %s, fasta: %s", group, ObjectLens.toJSON(f)));\r
  72         }\r
  73 \r
  74         public void addName(FastaItem f)\r
  75         {\r
  76             _logger.debug(ObjectLens.toJSON(f));\r
  77 \r
  78             if (prev != null && prev.getSequence().contains("TTAGGG"))\r
  79             {\r
  80                 // output both records\r
  81             }\r
  82 \r
  83             if (f.getSequence().contains("TTAGGG"))\r
  84             {\r
  85 \r
  86             }\r
  87 \r
  88             prev = f;\r
  89 \r
  90         }\r
  91 \r
  92         public void flush()\r
  93         {\r
  94 \r
  95         }\r
  96 \r
  97     }\r
  98 \r
  99     public static class S1\r
 100     {\r
 101         public int id;\r
 102         public String name;\r
 103 \r
 104         public int getRid()\r
 105         {\r
 106             return id - 1;\r
 107         }\r
 108 \r
 109     }\r
 110 \r
 111     public static class S2\r
 112     {\r
 113         public int rid;\r
 114         public String info;\r
 115     }\r
 116 \r
 117     @EqJoin(left = "rid", leftClass = S1.class, right = "rid")\r
 118     public static class S3\r
 119     {\r
 120         public S1 s1;\r
 121 \r
 122         public List<S2> s2;\r
 123 \r
 124     }\r
 125 \r
 126     public static class FastaItem\r
 127     {\r
 128         public String value;\r
 129         public String link;\r
 130 \r
 131         private StringBuilder sequence = new StringBuilder();\r
 132 \r
 133         public void appendSequence(String s)\r
 134         {\r
 135             sequence.append(s);\r
 136         }\r
 137 \r
 138         public String getSequence()\r
 139         {\r
 140             return sequence.toString();\r
 141         }\r
 142 \r
 143     }\r
 144 \r
 145     @Test\r
 146     public void testname() throws Exception\r
 147     {\r
 148         FastaQuery result = Lens.loadSilk(FastaQuery.class, FileResource.open(FastaTest.class, "fasta.silk"));\r
 149         result.flush();\r
 150 \r
 151         //ObjectStream<S3> sin = Lens.joinSilk(S3.class, "input1", "input2");\r
 152 \r
 153         //ObjectStream<S4> out = Lens.joinSilk(S4.class, sin, "input3");\r
 154 \r
 155     }\r
 156 \r
 157 }\r