src/test/java/org/xerial/lens/relation/query/StreamAmoebaJoinTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------\r
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito\r
   3  *\r
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.\r
   6  *  You may obtain a copy of the License at\r
   7  *\r
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
   9  *\r
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and\r
  14  *  limitations under the License.\r
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/\r
  16 //--------------------------------------\r
  17 // XerialJ\r
  18 //\r
  19 // StreamAmoebaJoinTest.java\r
  20 // Since: 2009/05/14 17:52:37\r
  21 //\r
  22 // $URL$\r
  23 // $Author$\r
  24 //--------------------------------------\r
  25 package org.xerial.lens.relation.query;\r
  26 \r
  27 import static org.junit.Assert.*;\r
  28 \r
  29 import org.junit.After;\r
  30 import org.junit.Before;\r
  31 import org.junit.Test;\r
  32 import org.xerial.lens.relation.DataType;\r
  33 import org.xerial.lens.relation.FD;\r
  34 import org.xerial.lens.relation.Node;\r
  35 import org.xerial.lens.relation.query.QuerySet.QuerySetBuilder;\r
  36 import org.xerial.lens.relation.schema.Schema;\r
  37 import org.xerial.lens.relation.schema.SchemaBuilder;\r
  38 import org.xerial.silk.SilkParser;\r
  39 import org.xerial.silk.SilkParserConfig;\r
  40 import org.xerial.util.FileResource;\r
  41 import org.xerial.util.StopWatch;\r
  42 import org.xerial.util.log.Logger;\r
  43 import org.xerial.util.tree.TreeEventHandlerBase;\r
  44 \r
  45 public class StreamAmoebaJoinTest {\r
  46     private static Logger _logger = Logger.getLogger(StreamAmoebaJoinTest.class);\r
  47 \r
  48     SilkParserConfig config = new SilkParserConfig();\r
  49 \r
  50     @Before\r
  51     public void setUp() throws Exception {\r
  52         config.bufferSize = 1024 * 1024 * 8; // 8MB\r
  53         config.numWorkers = 2;\r
  54     }\r
  55 \r
  56     @After\r
  57     public void tearDown() throws Exception {}\r
  58 \r
  59     @Test\r
  60     public void query() throws Exception {\r
  61         QuerySetBuilder qs = new QuerySetBuilder();\r
  62         qs.addQueryTarget(new SchemaBuilder().add("coordinate").add("group").add("species").add(\r
  63                 "revision").add("name").add("sequence").build());\r
  64         qs.addQueryTarget(new SchemaBuilder().add("coordinate").add("gene", DataType.STRUCT,\r
  65                 FD.ONE_OR_MORE).build());\r
  66         qs.addQueryTarget(new SchemaBuilder().add("gene").add("id").add("name").add("start").add(\r
  67                 "end").add("sequence").build());\r
  68 \r
  69         StreamAmoebaJoin aj = new StreamAmoebaJoin(qs.build(), new AmoebaJoinHandlerBase() {\r
  70 \r
  71             public void newAmoeba(Schema schema, Node n1, Node n2) {\r
  72                 _logger.debug(String.format("relation (%s, %s)", n1, n2));\r
  73             }\r
  74 \r
  75             public void leaveNode(Schema schema, Node node) {\r
  76                 _logger.trace(String.format("leave %s in %s", node, schema));\r
  77             }\r
  78 \r
  79             public void text(Schema schema, Node contextNode, String nodeName, String text) {\r
  80                 _logger.debug(String.format("text %s:%s of %s in %s", nodeName, text, contextNode,\r
  81                         schema));\r
  82             }\r
  83         });\r
  84 \r
  85         aj.sweep(new SilkParser(FileResource.find(StreamAmoebaJoinTest.class, "sample.silk")));\r
  86     }\r
  87 \r
  88     @Test\r
  89     public void amoebaTest() throws Exception {\r
  90         QuerySetBuilder qs = new QuerySetBuilder();\r
  91         qs.addQueryTarget(new SchemaBuilder().add("coordinate").add("revision").build());\r
  92 \r
  93         StreamAmoebaJoin aj = new StreamAmoebaJoin(qs.build(), new AmoebaJoinHandlerBase() {\r
  94 \r
  95             int count = 0;\r
  96 \r
  97             public void newAmoeba(Schema schema, Node n1, Node n2) {\r
  98                 _logger.debug(String.format("relation (%s, %s)", n1, n2));\r
  99                 count++;\r
 100             }\r
 101 \r
 102             public void finish() {\r
 103                 assertEquals(2, count);\r
 104             }\r
 105 \r
 106         });\r
 107 \r
 108         aj.sweep(new SilkParser(FileResource.find(StreamAmoebaJoinTest.class, "gene.silk")));\r
 109 \r
 110     }\r
 111 \r
 112     @Test\r
 113     public void loadScaffold1() throws Exception {\r
 114         QuerySet qs = new QuerySetBuilder().build();\r
 115         StreamAmoebaJoin aj = new StreamAmoebaJoin(qs, new AmoebaJoinHandlerBase());\r
 116         StopWatch sw = new StopWatch();\r
 117         aj.sweep(new SilkParser(FileResource.find(StreamAmoebaJoinTest.class,\r
 118                 "../../../silk/scaffold1.silk"), config));\r
 119         _logger.info("time: " + sw.getElapsedTime());\r
 120     }\r
 121 \r
 122     @Test\r
 123     public void silkWalkPerformance() throws Exception {\r
 124         SilkParser parser = new SilkParser(FileResource.find(StreamAmoebaJoinTest.class,\r
 125                 "../../../silk/scaffold1.silk"), config);\r
 126         StopWatch sw = new StopWatch();\r
 127         parser.parse(new TreeEventHandlerBase());\r
 128         _logger.info("time: " + sw.getElapsedTime());\r
 129     }\r
 130 \r
 131 }\r