src/test/java/org/xerial/lens/ObjectMapperTest.java

   1 /*--------------------------------------------------------------------------\r
   2  *  Copyright 2009 Taro L. Saito\r
   3  *\r
   4  *  Licensed under the Apache License, Version 2.0 (the "License");\r
   5  *  you may not use this file except in compliance with the License.\r
   6  *  You may obtain a copy of the License at\r
   7  *\r
   8  *     http://www.apache.org/licenses/LICENSE-2.0\r
   9  *\r
  10  *  Unless required by applicable law or agreed to in writing, software\r
  11  *  distributed under the License is distributed on an "AS IS" BASIS,\r
  12  *  WITHOUT WARRANTIES OR CONDITIONS OF ANY KIND, either express or implied.\r
  13  *  See the License for the specific language governing permissions and\r
  14  *  limitations under the License.\r
  15  *--------------------------------------------------------------------------*/\r
  16 //--------------------------------------\r
  17 // XerialJ\r
  18 //\r
  19 // ObjectMapperTest.java\r
  20 // Since: May 19, 2009 1:33:50 PM\r
  21 //\r
  22 // $URL: http://www.xerial.org/svn/project/XerialJ/trunk/xerial-core/src/test/java/org/xerial/lens/ObjectMapperTest.java $\r
  23 // $Author: leo $\r
  24 //--------------------------------------\r
  25 package org.xerial.lens;\r
  26 \r
  27 import static org.junit.Assert.*;\r
  28 \r
  29 import java.util.ArrayList;\r
  30 import java.util.List;\r
  31 import java.util.Map;\r
  32 \r
  33 import org.junit.After;\r
  34 import org.junit.Before;\r
  35 import org.junit.Test;\r
  36 import org.xerial.lens.LensTest.Gene;\r
  37 import org.xerial.lens.ObjectLensTest.PropReader;\r
  38 import org.xerial.silk.SilkParser;\r
  39 import org.xerial.util.FileResource;\r
  40 import org.xerial.util.log.Logger;\r
  41 \r
  42 public class ObjectMapperTest {\r
  43     private static Logger _logger = Logger.getLogger(ObjectMapperTest.class);\r
  44 \r
  45     @Before\r
  46     public void setUp() throws Exception {}\r
  47 \r
  48     @After\r
  49     public void tearDown() throws Exception {}\r
  50 \r
  51     public static class CoordinateData {\r
  52         public String group;\r
  53         public String name;\r
  54         public String species;\r
  55         public String revision;\r
  56 \r
  57         @Override\r
  58         public String toString() {\r
  59             return String.format("group=%s, name=%s, species=%s, revision=%s", group, name,\r
  60                     species, revision);\r
  61         }\r
  62 \r
  63     }\r
  64 \r
  65     // query: (gene, name, start, end, strand)\r
  66     public static class GeneData {\r
  67         public final int id;\r
  68         public final String name;\r
  69         public final long start;\r
  70         public final long end;\r
  71         public final String strand;\r
  72 \r
  73         private StringBuilder sequence = new StringBuilder();\r
  74 \r
  75         public GeneData(int id, String name, long start, long end, String strand) {\r
  76             this.id = id;\r
  77             this.name = name;\r
  78             this.start = start;\r
  79             this.end = end;\r
  80             this.strand = strand;\r
  81         }\r
  82 \r
  83         public void appendSequence(String seq) {\r
  84             sequence.append(seq);\r
  85         }\r
  86 \r
  87         @Override\r
  88         public String toString() {\r
  89             return String.format("id=%d, name=%s, start=%s, end=%s, strand=%s, sequence=%s", id,\r
  90                     name, start, end, strand, sequence.toString());\r
  91         }\r
  92     }\r
  93 \r
  94     public static class GeneDB {\r
  95         public final String description;\r
  96 \r
  97         public GeneDB(String description) {\r
  98             this.description = description;\r
  99         }\r
 100 \r
 101         public void addCoordinate_Gene(CoordinateData c, GeneData g) {\r
 102             _logger.debug(String.format("c(%s), g(%s)", c, g));\r
 103         }\r
 104 \r
 105         public void addCoordinate(CoordinateData c) {\r
 106             _logger.debug(c);\r
 107         }\r
 108 \r
 109         public void addGene(GeneData g) {\r
 110             _logger.debug(g);\r
 111         }\r
 112 \r
 113     }\r
 114 \r
 115     @Test\r
 116     public void map() throws Exception {\r
 117         ObjectMapper mapper = new ObjectMapper(GeneDB.class);\r
 118         GeneDB gdb = mapper.map(GeneDB.class, new SilkParser(FileResource.find(\r
 119                 ObjectMapperTest.class, "gene.silk")));\r
 120 \r
 121         assertEquals("gene data", gdb.description);\r
 122     }\r
 123 \r
 124     public static enum MARK {\r
 125         SPADE, HEART, CLOVER, DIAMOND\r
 126     }\r
 127 \r
 128     public static class EnumData {\r
 129         public List<MARK> mark;\r
 130     }\r
 131 \r
 132     @Test\r
 133     public void enumBind() throws Exception {\r
 134         EnumData ret = Lens.loadSilk(EnumData.class, FileResource.find(ObjectMapperTest.class,\r
 135                 "enum.silk"));\r
 136         assertEquals(6, ret.mark.size());\r
 137 \r
 138     }\r
 139 \r
 140     public static class Read {\r
 141         public long viewstart;\r
 142         public long viewend;\r
 143     }\r
 144 \r
 145     @Test\r
 146     public void primitiveTypeBind() throws Exception {\r
 147         Read r = Lens.loadSilk(Read.class, FileResource.find(ObjectMapperTest.class, "long.silk"));\r
 148         assertEquals(1721L, r.viewstart);\r
 149         assertEquals(2871L, r.viewend);\r
 150     }\r
 151 \r
 152     public static class MyGene extends Gene {\r
 153 \r
 154     }\r
 155 \r
 156     public static class Rename {\r
 157         ArrayList<MyGene> genes = new ArrayList<MyGene>();\r
 158 \r
 159         public void addCoordinate_Gene(Coordinate c, MyGene g) {\r
 160             genes.add(g);\r
 161         }\r
 162 \r
 163     }\r
 164 \r
 165     @Test\r
 166     public void rename() throws Exception {\r
 167         Rename r = Lens.loadSilk(Rename.class, FileResource.find(ObjectMapperTest.class,\r
 168                 "gene.silk"));\r
 169         assertEquals(2, r.genes.size());\r
 170 \r
 171     }\r
 172 \r
 173     @Test\r
 174     public void property() throws Exception {\r
 175         PropReader p = Lens.loadSilk(PropReader.class, FileResource.open(ObjectMapperTest.class,\r
 176                 "property.silk"));\r
 177 \r
 178         assertEquals(2, p.prop.size());\r
 179         assertEquals("hello", p.prop.get("db.name"));\r
 180         assertEquals("sqlite", p.prop.get("db.type"));\r
 181     }\r
 182 \r
 183     public static class MapField {\r
 184         public Map<Integer, String> id_name;\r
 185     }\r
 186 \r
 187     @Test\r
 188     public void mapPutter() throws Exception {\r
 189         MapField m = Lens.loadSilk(MapField.class, FileResource.open(ObjectMapperTest.class,\r
 190                 "map.silk"));\r
 191         assertNotNull(m.id_name);\r
 192         assertEquals(2, m.id_name.size());\r
 193         String n1 = m.id_name.get(1);\r
 194         String n2 = m.id_name.get(2);\r
 195         assertEquals("leo", n1);\r
 196         assertEquals("yui", n2);\r
 197     }\r
 198 \r
 199     public static class Person {\r
 200         public int id;\r
 201         public String name;\r
 202 \r
 203         @Override\r
 204         public String toString() {\r
 205             return Lens.toJSON(this);\r
 206         }\r
 207     }\r
 208 \r
 209     public static class ClassRoom {\r
 210         public String name;\r
 211 \r
 212         @Override\r
 213         public String toString() {\r
 214             return Lens.toJSON(this);\r
 215         }\r
 216     }\r
 217 \r
 218     public static class ComplexMapField {\r
 219         public Map<Person, ClassRoom> classes;\r
 220     }\r
 221 \r
 222     @Test\r
 223     public void complexMapField() throws Exception {\r
 224         ComplexMapField m = Lens.loadSilk(ComplexMapField.class, FileResource.open(\r
 225                 ObjectMapperTest.class, "map2.silk"));\r
 226         assertEquals(2, m.classes.size());\r
 227 \r
 228         _logger.debug(Lens.toJSON(m.classes));\r
 229     }\r
 230 }\r