src/Tools/mrcImage/mrcImagePad/src/mrcImagePad.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImagePad</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImagePad</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImagePad
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      ).as(inFile              ) ] :Essential :Input DataFile
  12     [-o[utput]           Out                 (NULL      ).as(outFile             ) ] :Essential :Output DataFile
  13     [-W[idth]            Width               (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Width[pixel]
  14     [-H[eight]           Height              (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Height[pixel]
  15     [-V[alue]            Value               (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Padding Value(float on avgrage density)
  16     [-E[xpected]V[alue]  ExpectedValue       (0.0       ).as(Real                ) ] :Optional  :Expected Value for Background
  17     [-AW                 AvgWnd              (2000.0    ).as(Real                ) ] :Optional  :Averaging Window Size [A]
  18     [-AWMin              AWMin               (20        ).as(Real                ) ] :Optional  :Averaging Window Size[pixel]
  19     [-AWMax              AWMax               (22        ).as(Real                ) ] :Optional  :Averaging Window Size[pixel]
  20     [-Tilt               TiltAxisAngle       (0         ).as(Real                )
  21                          TiltAngle           (0         ).as(Real                ) ] :Optional  :TiltImage: TiltAxisAngle TiltAngle
  22     [-c[onfig]           configFile          (NULL      ).as(inFile              ) ] :Optional  :Configuration File
  23     [-m[ode]             mode                (0         ).as(Integer             ) ] :Optional  :Mode
  24 ----- Mode -----
  25 0: Pad average density(Image Center)
  26 1: Pad average density of x=0 and x=MAX(x)(Image Center)
  27 2: Pad dynamic average density of x=0 and x=MAX(x)(Image Center)
  28 3: Pad average density of x=0,MAX(x) and y=0,MAX(y), (Image Center)
  29 4: Pad average density of bottom left
  30 5: Pad value (Image Center)
  31 6: Pad value of bottom left
  32 7: Pad value estimated from outside circle
  33 8: Pad value estimated from outside ring: -AWMin -AMax
  34 9: Pad value is Value
  35 10: Periphery Masking Using ExpectedValue
  36 11: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/avg(bg))
  37 12: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(I))/sqrt(var(I)))
  38 13: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/sqrt(var(bg)))
  39 14: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/(avg(I)-avg(bg))
  40 15: Tilted Image Circle Average: Need two values of TiltAxisAngle TiltAngle
  41 </PRE>
  42 </BODY>
  43 </HTML>