src/Tools/mrcImage/mrcImagePad/src/mrcImagePad.html

   1 <HTML>
   2 <HEAD>
   3 <TITLE>mrcImagePad</TITLE>
   4 </HEAD>
   5 <BODY>
   6 <H1>mrcImagePad</H1>
   7 <H2>Usage</H2>
   8 <PRE>
   9 Usage: mrcImagePad
  10 Options:
  11     [-i[nput]            In                  (NULL      )] :Essential :Input DataFile
  12     [-o[utput]           Out                 (NULL      )] :Essential :Output DataFile
  13     [-W[idth]            Width               (0         )] :Optional  :Width[pixel]
  14     [-H[eight]           Height              (0         )] :Optional  :Height[pixel]
  15     [-V[alue]            Value               (0.0       )] :Optional  :Padding Value(float on avgrage density)
  16     [-E[xpected]V[alue]  ExpectedValue       (0.0       )] :Optional  :Expected Value for Background
  17     [-AW                 AvgWnd              (2000.0    )] :Optional  :Averaging Window Size [A]
  18     [-AWMin              AWMin               (20        )] :Optional  :Averaging Window Size[pixel]
  19     [-AWMax              AWMax               (22        )] :Optional  :Averaging Window Size[pixel]
  20     [-Tilt               TiltAxisAngle       (0         )TiltAngle           (0         )] :Optional  :TiltImage: TiltAxisAngle TiltAngle
  21     [-c[onfig]           configFile          (NULL      )] :Optional  :Configuration File
  22     [-m[ode]             mode                (0         )] :Optional  :Mode
  23 ----- Mode -----
  24 0: Pad average density(Image Center)
  25 1: Pad average density of x=0 and x=MAX(x)(Image Center)
  26 2: Pad dynamic average density of x=0 and x=MAX(x)(Image Center)
  27 3: Pad average density of x=0,MAX(x) and y=0,MAX(y), (Image Center)
  28 4: Pad average density of bottom left
  29 5: Pad value (Image Center)
  30 6: Pad value of bottom left
  31 7: Pad value estimated from outside circle
  32 8: Pad value estimated from outside ring: -AWMin -AMax
  33 9: Pad value is Value
  34 10: Periphery Masking Using ExpectedValue
  35 11: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/avg(bg))
  36 12: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(I))/sqrt(var(I)))
  37 13: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/sqrt(var(bg)))
  38 14: Normalized Padding using (I(x,y)-avg(bg))/(avg(I)-avg(bg))
  39 15: Tilted Image Circle Average: Need two values of TiltAxisAngle TiltAngle
  40 </PRE>
  41 </BODY>
  42 </HTML>