Integration/MultiCTF/Makefile.ForFukunaga

   1 # CTF Compensation
   2 .SUFFIXES: .tif .mrc .prectf .fft .ctfinfo .ctf .low
   3 .SUFFIXES: .ctfref .ctfref-center .ctflst .ctfinfolst .ctffit-corinfo .ctffit .ctffitlst .mulctf .mulctf2
   4
   5 -include FILELIST.inc
   6 -include CTFLIST.inc
   7
   8 mrc:$(FILELIST:.tif=.mrc)
   9 prectf:$(FILELIST:.tif=.prectf)
  10 fft:$(FILELIST:.tif=.fft)
  11 ctfinfo:$(FILELIST:.tif=.ctfinfo)
  12 ctf:$(FILELIST:.tif=.ctf)
  13 low:$(FILELIST:.tif=.low)
  14
  15 FILELIST::
  16         rm -f FILELIST.inc
  17         echo FILELIST=\\\\                       > FILELIST.inc
  18         ls -1 *.tif | sed -e s/\\.tif/.tif\\\\/ >> FILELIST.inc
  19         echo ""                                 >> FILELIST.inc
  20
  21
  22 ctfinfolst:$(CTFLIST:.ctflst=.ctfinfolst)
  23 ctffitlst:$(CTFLIST:.ctflst=.ctffitlst)
  24 ctffit:$(CTFLIST:.ctflst=.ctffit)
  25 mulctf:$(CTFLIST:.ctflst=.mulctf)
  26
  27 CTFLIST::
  28         rm -f CTFLIST.inc
  29         echo CTFLIST=\\\\                              > CTFLIST.inc
  30         ls -1 *.ctflst | sed -e s/\\.ctflst/.ctflst\\\\/ >> CTFLIST.inc
  31         echo ""                                       >> CTFLIST.inc
  32
  33 CCD=14.0
  34 SmoothingResolution=0.1
  35 SmoothingMode=4
  36
  37 WindowingRangeIn=0.3
  38 WindowingRangeOut=0.2
  39 WindowingMode=18
  40 ##
  41 #
  42 # Single CTF compenstaion
  43 #
  44 ##
  45
  46 .tif.mrc:
  47         RESOLUTION=`tiffinfo $*.tif | awk ' /Resolution:/ { print 1/$$2*1e8 }'`; \
  48         tiff2mrc -i $*.tif -o $*.mrc  -r $$RESOLUTION
  49
  50 .mrc.prectf:
  51         ln -sf $*.mrc $*.prectf
  52
  53 .prectf.fft:
  54         mrcImageFFT -i $*.mrc -o $*.fft
  55
  56 .fft.ctfinfo:
  57         if [ ! -f $*.ctfinfo ] ; then  \
  58                 if [ -f default.ctfinfo ] ; then \
  59                         cp default.ctfinfo $*.ctfinfo ; \
  60                 fi ; \
  61         fi
  62         ctfDisplay -i $*.fft -o $*.ctfinfo
  63
  64 .ctfinfo.ctf:
  65         mrcImageCTFCompensation -i $*.fft -o $*.ctf -info2 $*.ctfinfo -m 1
  66
  67 .ctf.low:
  68         mrcImageLowPassFilter -i $*.ctf -o $*.low -m $(SmoothingMode) -hvp $(SmoothingResolution)
  69
  70 ##
  71 #
  72 # Multi CTF Compenstaion
  73 #
  74 ##
  75
  76 .ctflst.ctfinfolst:
  77         sed -e s/.ctf/.ctfinfo/ $*.ctflst > $*.ctfinfolst
  78
  79 .ctfref.ctfref-center:
  80         mrcImageWindowing -i $*.ctfref -o $*.ctfref-center0 -W $(WindowingRangeIn) $(WindowingRangeOut) $(WindowingRangeIn) $(WindowingRangeOut)  -m $(WindowingMode)
  81         mrcImageLowPassFilter  -i $*.ctfref-center0 -o $*.ctfref-center1 -m 4 -hvp 0.1
  82         mrcImageHighPassFilter -i $*.ctfref-center1 -o $*.ctfref-center  -m 2 -hvp 0.001 -w 0.001
  83
  84 .ctflst.ctffitlst:
  85         sed -e s/.ctf/.ctffit/ $*.ctflst > $*.ctffitlst
  86
  87 .ctfinfolst.ctffit:
  88         # Preparation
  89         make $*.ctfref-center
  90         make $*.ctffitlst
  91         # Execution
  92         for i in `cat $*.ctflst`; do \
  93                 echo $$i; \
  94                 name=`basename $$i .ctf`; \
  95                 make REF=$*.ctfref-center $$name.ctffit-corinfo ; \
  96                 make REF=$*.ctfref-center $$name.ctffit ; \
  97         done
  98         touch $*.ctffit
  99
 100 #
 101 #
 102 .ctf.ctffit-corinfo:
 103         mrcImageAutoRotationCorrelation -i $*.ctf -O $*.ctffit-corinfo -r $(REF) -range -5 5 -n 10 -Iter 3 -m 18 -RefineMode 1 -Method 0
 104
 105 .ctffit-corinfo.ctffit:
 106         XSHIFT=`awk '/Cor/ {print -1*$$10}' $*.ctffit-corinfo `; \
 107         YSHIFT=`awk '/Cor/ {print -1*$$11}' $*.ctffit-corinfo `; \
 108         ANGLE=`awk  '/Cor/ {print -1*$$8}' $*.ctffit-corinfo `; echo $$XSHIFT; echo $$YSHIFT; echo $$ANGLE; \
 109         mrcImageMove -i $*.ctf -o $*.ctf-move -x $$XSHIFT -y $$YSHIFT ; \
 110         mrcImageRotation -i $*.ctf-move -o $*.ctffit-prerefine -a $$ANGLE -m 2 -Periodic
 111         mrcImageCorrelation -i $*.ctffit-prerefine -o $*.ctffit-cor -O $*.ctffit-cor2 -s $*.ctffit -r $(REF) -refine 0.2 2 2 -m 18 -M 0
 112
 113 .ctffit.mulctf:
 114         mrcImageMultiCTFCompensation -i $*.ctffitlst -info2 $*.ctfinfolst -o $*.mulctf -MaxIter 2 -ctfMode 33 -W 1.0 -WR 0.2 -m 17 -MaxIter 2 -solventMode 0 -solventSTD -0.0
 115
 116 .ctffit.mulctf2:
 117         mrcImageMultiCTFCompensation -i $*.ctffitlst -info2 $*.ctfinfolst -o $*.mulctf2 -MaxIter 2 -ctfMode 33 -W 1.0 -WR 0.2 -m 16 -MaxIter 2
 118
 119 #
 120 #